Chùa được khởi công xây dựng vào năm 1964, do kiến trúc sư Nguễn Bá Lăng vẽ kiểu, kỹ sư Bùi Văn Tố thiết kế và do ban kiến thiết miền Vĩnh Nghiêm điều hành thực hiện. Ðược sự đóng góp công đức của chư tôn Hòa Thượng, chư Thượng tọa, Ðại Ðức Tăng, Ni và quý Phật tử nhất là các vị nguyên quán Bắc Việt sống tại miền Nam, năm 1971, 3 công trình cơ bản đã được hoàn thành: Phật điện; Bảo tháp; cơ sở văn hóa xã hội. Chùa có diện tích xây cất ước lượng hơn 7.000 m2, trước đây là khu sình lầy bên cạnh rạch sông Thị Nghè cũ, nên phải đổ 40.000m3 đất mới được như hiện nay.

Chùa tọa lạc trên một khuôn viên rộng thoáng, sát đại lộ. Tổng thể kiến trúc hoàn chỉnh gồm có tam quan, chùa chính, tháp chuông, nhà phụ và ngọn bảo tháp 7 tầng cao 40m, sân rộng. Chánh điện được bài trí trang nghiêm với pho tượng Phật lớn có nhiều hoành phi, câu đối chữ Hán được khắc và trang trí đẹp. Các hương án, bao lam cũng vậy. Nhiều bức tranh được vẽ và chú thích rõ ở hai bên tường.

Tổ đình Vĩnh Nghiêm hiện nay không những là nơi chiêm bái cho thiện nam tín nữ Phật tử mà còn là thắng cảnh tham quan của khách du lịch trong cũng như ngoài nước. Ðặc biệt, tổ đình Vĩnh Nghiêm còn là cơ sở của Trường Cơ bản Phật học, Thư viện Phật học Thành Phố Hồ Chí Minh, trú xú của 20 vị tăng, ni sinh miền Bắc đang theo học tại Trường Cao cấp Phật học Việt Nam cơ sở 2. Hằng tuần, nơi đây đều có những buổi giảng kinh cũng như thọ Bát quan trai giới để hướng dẫn Phật tử trên con đường tu tập Thánh đạo. Hằng năm, vào ngày mùng 8 - 12 Âm Lịch, ngày đức Phật thành đạo, chùa Vĩnh Nghiêm đều tổ chức trọng thể lễ húy nhật Hòa Thượng Thích Thanh Hanh (1838 - 1936), cố Thiền gia pháp chủ Phật giáo Bắc Việt, được tôn xưng là tổ Vĩnh Nghiêm, vị có công rất lớn trong công cuộc chấn hưng Phật giáo vào những năm đầu thế kỷ 20.

Nguồn Trang vàng